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Utiliser R dans les traitements QGis 3

La plupart des logiciels SIG d’aujourd’hui, y compris ArcGIS, QGIS, GRASS et d’autres applications industrielles et open source, utilisent Python comme langage de script et de complément pour les plugins. Ce langage est aussi utilisé pour les besoins de programmation qui peuvent accroître les fonctions d’analyse spatiale et de traitement spatial.

Dans la suite de cette logique, une intégration récente du paquet statistique R a été réalisée pour son utilisation dans QGIS. Les utilisateurs peuvent accéder à la bibliothèque d’analyse spatiale de R (de plus en plus utilisée) dans le panneau de traitements.

Le fournisseur de traitements R dans Qgis

Bien que R soit essentiellement un ensemble de statistiques, son utilisation s’est étendue à un certain nombre de domaines, comme le traitement du langage naturel. Cette bibliothèque possède également de solides outils d’analyse spatiale, y compris l’analyse des distributions de points et la modélisation géostatistique bayésienne. Il peut lire et gérer une variété de données vectorielles et raster, y compris les fichiers shapefiles, NetCDF et GDAL.

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Travailler sur un catalogue d’images aériennes ou satellitaires avec QGis 3

Quand on dispose d’une couverture d’images aériennes ou satellitaires, géoréférencées il faut trouver un moyen efficace d’accéder au images individuelles pour, par exemple, procéder à la numérisation d’entités géographiques.

Avec QGis 3 on dispose d’un outil puissant, l’index des tuiles. Il permet de créer une couche avec les emprises des images individuelles avec un lien vers les fichiers image.

Sur cette couche , on peut définir une action déclenchée sur le clic de la souris sur une emprise, pour charger directement l’image concernée dans la fenêtre cartographique.

Voici le mode opératoire.

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Migration ArcGis vers QGis: les données

Dans l’article précédent (Cohabitation ArcGis-QGis: les données vecteur ) nous avons vu comment utiliser les données d’ArcGis (shapefile, geodabase personnelle et geodatabase fichier) dans QGis. Dans cet article nous allons voir l’étape suivante, c’est à dire la migration de ces formats vers des formats plus en accord avec l’architecture autour de QGis.

Nous allons essayer de répondre à deux questions:

  • vers quel format migrer vos données?
  • avec quel(s) outil(s) effectuer cette migration?
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Cohabitation ArcGis-QGis: les données vecteur

De plus en plus d’utilisateurs d’ArcGis sont tentés par le passage vers QGis. Ce passage se fait généralement en deux étapes: une première étape où l’on fait cohabiter les deux logiciels, pour appréhender les possibilités de QGis et se familiariser avec les modes opératoires, puis une deuxième étape de migration à proprement parler avant l’abandon plus ou moins définitif d’ArcGis.

Dans cet article nous verrons comment faire cohabiter les deux logiciels, au niveau des données vecteur. Dans l’article suivant nous verrons comment migrer définitivement les données vers des formats mieux adaptés à QGis.

Nous aborderons ici les trois principaux formats vecteur d’ArcGis: les shapefiles, les geodatabases personnelles et les geodatabases fichier.

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Migrer un script R de QGis vers RStudio

La possibilité d’exécuter des scripts R dans QGis est bien pratique. Par contre, si on démarre avec R ce n’est pas l’environnement le plus facile. Modifier quelques instructions d’un modèle de script ne pose pas trop de problèmes, mais écrire un script plus compliqué vaut bien la peine de travailler avec un environnement plus complet, tel que R Studio. La possibilité d’exécuter les lignes pas à pas, l’accès au contenu des variables, la fenêtre des graphiques, bref, la disponibilité d’un véritable environnement de développement est un atout pour tout débutant.

Le premier problème auquel on est confronté, quand on a un modèle de script sous QGis et que l’on veut l’utiliser et modifier dans RStudio est l’accès aux données. L’interface de QGis avec les scripts R se fait à travers les lignes de code précédées par des ##:

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QGis 3.8 et GRASS 7: les traitements affichent une erreur « cet algorithme ne peut pas être lancé »

Si vous avez installé la version 3.8 de QGis vous aurez une mauvaise surprise en essayant d’exécuter des traitements GRASS:

Mais c’est surtout quand vous essayez de corriger l’erreur en vous basant sur le texte du message que la surprise est encore plus mauvaise:

L’option de configuration du répertoire de GRASS 7 a disparu.

C’est en essayant de voir pourquoi le répertoire indiqué dans le message (grass-7.6.0 ) ne contenait pas des modules valides que je me suis aperçu que le répertoire de GRASS dans cette version de l’installateur QGis est nommé « grass76« .

Pour résoudre le problème et, à nouveau, pouvoir exécuter les traitements GRASS, il suffit de renommer le répertoire grass76 en grass-7.6.0 (c:/Programmes/QGis3.8/apps/grass/grass-7.6.0)

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Une fonction PL/pgsql pour l’analyse exploratoire de données spatiales avec des polygones de Voronoï

L’analyse exploratoire des données spatiales est une étape incontournable dans les processus d’analyse spatiale.

Un des outils pour cette exploration est la construction des polygones de Voronoï. (Voir Analyse exploratoire des données pour la géostatistique:les diagrammes de Voronoï)

Si l’extension Geostatistical Analyst d’ArcGis permet une grande variété d’affichages d’une couche de polygones de Voronoï, avec QGis on est limités au simple affichage des polygones et des valeurs de l’attribut analysé. Ce qui manque c’est les différents affichages correspondant à des statistiques locales.

Dans un précédent article (Calculer des moyennes locales sur des polygones de Voronoï avec Qgis), qui commence à dater, nous avions donné les moyens d’afficher la vue « Moyenne » des polygones: Pour chaque polygone on recherche les polygones qui ont un côté ou un vertex commun avec lui, puis on calcule la moyenne d’un attribut pour cet ensemble (la moyenne du polygone central plus les valeurs des polygones adjacents). C’est cette moyenne qui est affectée au polygone au lieu de la valeur originale de l’attribut..

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QGis 3.8, HotSpot Analysis Plugin et PySal

Tout d’abord, la date: on est le 26 juin 2019.

J’ai eu des problèmes pour installer le plugin HotSpot Analysis et le plus dur quand on cherche sur le net c’est qu’on tombe pelle mêle sur des solutions du mois dernier et d’il y a 10 ans. Mais il faut un travail de détective pour savoir de quand elles datent.

Donc, si vous êtes en 2025, il est fort probable que les solutions que je propose dans cet article ne soient plus les bonnes…

Le plugin HotSpot Analysis est une bonne alternative pour la cartographie d’auto-correlations spatiales. Par contre, il souffre, actuellement d’un manque de « finition » dans son processus d’installation et d’un petit retard de maintenance. Continuer la lecture de « QGis 3.8, HotSpot Analysis Plugin et PySal »

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Créer une carte de localisation avec QGis 3.4

Les cartes de localisation permettent une vision plus globale de la zone d’étude représentée sur la carte principale

Le principe est très simple: ce sont deux cartes en une seule mise en page. La carte de localisation aura une caractéristique particulière: on figera l’étendue, les couches affichées et la symbologie de ces couches une fois pour toutes. La seule variable sera le rectangle d’emprise qui, lui, est géré par QGis lui-même.

Pour commencer, cliquez sur le menu Projet->nouvelle mise en page ou ouvrez le gestionnaire de mise en page et créez une nouvelle mise en page.

Dans la fenêtre de mise en page, ajoutez la carte principale (menu Ajouter un élément -> Ajouter carte) et la carte de localisation (idem)

Notez alors que la carte principale est nommée carte 1 et la carte de localisation carte 2.

Vous allez commencer par la définition de la carte de localisation:

1- dans la fenêtre cartographique de QGis, zoomez le contenu de la fenêtre au niveau que vous souhaitez voir dans la carte de localisation.

2- affichez seulement les couches que vous souhaitez voir dans la carte de localisation en désactivant l’affichage des autres couches.

3- Modifiez, si nécessaire, la symbologie des couches visibles. Par exemple, l’épaisseur des traits est généralement plus fin pour la carte de localisation que pour la carte principale.

4-Vérifiez dans le gestionnaire de mise en page que le résultat correspond à vos souhaits. Pour cela, en ayant sélectionné la carte 2, cliquez sur Mise à jour de l’aperçu dans le panneau Propriétés principales

Dans le panneau couches, cochez les cases Verrouiller les couches et Verrouiller le style des couches. Pour assurer qu’il n’y aura pas d’autre modification, cochez la case de verrouillage de carte 2 dans la fenêtre Éléments.

Votre carte de localisation est configurée.

Vous allez maintenant vous occuper de la carte principale. Mettez la en forme (zoom, symbologie, etc…)

Une fois terminée la mise en page de la carte principale, il ne vous reste qu’à relier les deux cartes pour que la carte de localisation affiche l’emprise de votre carte principale.

Pour cela déverrouillez la carte 2, cliquez sur elle pour la sélectionner, ouvrez le panneau Aperçus de votre carte de localisation.

Cliquez sur le bouton + pour ajouter un aperçu dans la liste d’aperçus. Il sera nommé Aperçu 1.

Pour paramétrer l’aperçu, il faut indiquer quelle emprise il faut afficher. Dans Cadre de la carte, sélectionnez Carte 1

Vous pouvez modifier le style de l’emprise (couleur, contour, etc) en ouvrant le Style de cadre

A partir de ce point, si vous changez l’emprise de la carte principale, l’emprise affichée sur la carte de localisation sera modifiée automatiquement pour la représenter.

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Tutoriel classification d’images avec QGis: 2.3- Les filtres spatiaux

Les filtres spatiaux représentent une autre méthode de traitement numérique utilisées pour le rehaussement d’une image. Ces filtres sont conçus de façon à faire ressortir ou à supprimer des caractéristiques spécifiques d’une image en se basant sur leur fréquence spatiale. La fréquence spatiale est liée au concept de texture. Elle fait référence à la fréquence de variation des différents tons qui apparaissent dans une image. Les régions d’une image où la texture est « rugueuse » sont les régions où les changements dans les tons sont abrupts; ces régions ont une fréquence spatiale élevée. Les régions « lisses » ont une variation des tons qui est plus graduelle sur plusieurs pixels; ces régions ont une fréquence spatiale faible. La méthode de filtrage spatial consiste à déplacer une « fenêtre » d’une dimension de quelques pixels (ex. : 3 sur 3, 5 sur 5, etc.) au-dessus de chaque pixel de l’image. On applique alors un traitement mathématique utilisant les valeurs des pixels sous la fenêtre et on remplace la valeur du pixel central par le résultat obtenu. La fenêtre est déplacée le long des colonnes et des lignes de l’image, un pixel à la fois, répétant le calcul jusqu’à ce que l’image entière ait été filtrée. En modifiant le calcul effectué à l’intérieur de la fenêtre, il est possible de rehausser ou de supprimer différents types de caractéristiques présents dans une image.

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