Utiliser R dans les traitements QGis

La plupart des logiciels SIG d’aujourd’hui, y compris ArcGIS, QGIS, GRASS et d’autres applications industrielles et open source, utilisent Python comme langage de script et de complément pour les plugins. Ce langage est aussi utilisé pour les besoins de programmation qui peuvent accroître les fonctions d’analyse spatiale et de traitement spatial.

Dans la suite de cette logique, une intégration récente du paquet statistique R a été réalisée pour son utilisation dans QGIS. Les utilisateurs peuvent accéder à la bibliothèque d’analyse spatiale de R (de plus en plus utilisée) dans le panneau de traitements.

Le fournisseur de traitements R dans QgisBien que R soit essentiellement un ensemble de statistiques, son utilisation s’est étendue à un certain nombre de domaines, comme le traitement du langage naturel. Cette bibliothèque possède également de solides outils d’analyse spatiale, y compris l’analyse des distributions de points et la modélisation géostatistique bayésienne. Il peut lire et gérer une variété de données vectorielles et raster, y compris les fichiers shapefiles, NetCDF et GDAL.

Les programmes traditionnels de SIG ont souvent été limités par  leurs statistiques spatiales et leurs capacités d’analyse étaient relativement mineures, y compris une petite gamme de fonctions intégrées, obligeant les utilisateurs à utiliser d’autres plateformes pour l’analyse avancée, la modélisation et la simulation. ESRI l’a bien senti en faisant l’acquisition du programme MapStudio de l’Université de Minsk, devenu depuis 2001 l’extension Geostatistical Analyst d’ArcGis.

Avec R, de nombreuses procédures statistiques populaires et des analyses plus avancées, y compris une variété d’applications de simulation, peuvent être appliquées directement dans des outils tels que QGIS.

Installation de R pour QGis.

Inutile de vous précipiter sur le panneau traitements de QGis pour trouver R. Il ne fait pas partie des fournisseurs de traitement fournis avec l’installation de QGis.

Vous devez télécharger et installer R sur votre poste avant de configurer QGis pour pouvoir l’utiliser.

Pour télécharger R, voici le lien: https://cran.r-project.org/bin/windows/base/

Une fois téléchargé, double-cliquez sur le fichier R-3.3.2-win.exe pour installer R sur votre poste.

Le programme installe R dans le répertoire C:\Program Files\R\R-3.3.2

Configuration des options de traitement de QGis

Pour configurer R, ouvrez la fenêtre d’Options des traitements (menu Traitements -> Options…)

La fenêtre options des traitements de QgisDéployez l’item Fournisseurs de traitements -> R scripts

configuration du fournisseur de traitement R dans qgisCochez la case Activate pour activer l’option R et qu’elle apparaisse dans le panneau Traitements.

Si vous avez une version Windows 64bits, vous pouvez cocher la case Utiliser la version 64 bits. Si vous avez un poste 32 bits, seule la version 32 bits de R est installée. Si vous avez un poste 64 bits, les deux versions (32 et 64 bits) sont installées. Si vous ne cochez pas la case vous utiliserez la version 32 bits même si votre PC est un 64 bits.

Vous avez à configurer le répertoire avec la librairie R pour QGis. Ce répertoire,rlibs ,se trouve dans C:/User/votre nom d’utilisateur/.qgis2/processing

S’il n’existe pas, créez un répertoire rscripts à côté de rlibs et indiquez ce répertoire en tant que Répertoire de scripts R.

Pointez le Répertoire R sur le répertoire d’installation, par défaut C:\Program Files\R\R-3.3.2

Cliquez sur OK pour fermer le fenêtre d’Options des Traitements.

Vous avez maintenant le fournisseur R qui apparaît dans le panneau de traitements, avec deux sous-items:

panneau de traitements de qgis avec le fournisseur de traitements R configuréLe premier Create new R script ouvre une fenêtre d’édition ou vous pouvez taper un script Python. Si vous avez des entrées à définir pour l’exécution, il faudra le faire.

Le deuxième, Get R scripts from on-line scripts collection, vous permet d’utiliser des scripts Python prêt à l’usage avec des fenêtres de traitement appropriée déjà configurées.

Voyons un exemple. Vous souhaitez effectuer un histogramme R d’un champ d’une couche vecteur.

Double-cliquez sur Get R scripts from on-line scripts collection pour ouvrir la fenêtre Obtenir des scripts et des modèles:

ajout d'un traitement R à qgisOuvrez l’item Non installés :

exemple d'ajout de l'histogramme R comme traitement dans qgisRecherchez l’outil Histogramme, cochez la case correspondante et cliquez sur OK.

Dans la version 2.18.2 que j’utilise, la fenêtre de traitements ne se met pas à jour immédiatement. Si vous ouvrez à nouveau la fenêtre Obtenir des scripts et des modèles vous verrez un nouvel item sous Mise à jour disponible (dans le cas de l’histogramme) ou sous l’item Installés.

Quand vous refermez cette fenêtre, la fenêtre de traitements R dans le panneau Traitements est mise à jour et votre nouvel outil est maintenant disponible sous Script R utilisateur -> Histogram

Si vous double-cliquez sur l’outil, vous aurez la fenêtre de paramétrage qui s’ouvre:

Quand vous cliquez sur Run, le traitement s’effectue:

Si vous n’êtes pas familier avec R, c’est la manière la plus simple de commencer à utiliser les outils que R met à votre disposition.

Si vous faites un cliq droit sur l’outil dans le panneau de traitements, vous pouvez sélectionner l’option Éditer le script pour voir la construction du script Python:

Voilà. On a entrouvert la porte, à vous de découvrir les possibilités que R peut vous apporter.

 

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